В Западной Индонезии обитают такие крупные животные, как одно- и двурогие носороги, слоны, орангутаны и тигры. На Западе есть маленькие обезьянки. На Востоке встречаются сумчатые.
На Суматре и Калимантане обитает малайский медведь, на Калимантане и Яве – дикая свинья бабируй, черный гиббон, бантенг и «носовая обезьяна», а на Сулавеси – карликовый бык аноа.
На Суматре обитает большая часть крупных млекопитающих: дикие слоны, пантеры, тапиры, орангутаны.
Для Индонезии среди самых крупных животных характерны тупайские полуобезьяны. Калонгская летучая лисица. Здесь можно встретить и довольно интересных ящеров из плацентарных млекопитающих.
На Востоке они владеют кус-кусом, ехидной, муравьедами и древесными кенгуру.
Крокодилы и змеи широко распространены на большей части Индонезии. На острове Комодо водятся гигантские ящерицы: варан, агамы, игуаны, токе и агамы.
Птичий мир необычайно богат, особенно на Малых Зондских островах и Молуккских островах. На этих островах можно встретить райских павлинов, птиц-носорогов, казуаров, птиц-маньяков и различных видов попугаев.
Почти по всей территории летают ястребы, орлы, ястребы, совы, аисты, лесные голуби, бакланы, фрегаты, чайки, кукушки и многие другие.
Индонезийский регион кишит муравьями, кузнечиками, термитами и тараканами.
Морская фауна прибрежных вод также богата и разнообразна. В море обитают акулы, дельфины, морские черепахи, скаты, рыба-меч и рыба-пила, барракуды, летучая рыба, скумбрия, тунец, бычок и анчоусы.
